《海豚湾》的获奖在日本民众当中引发了强烈的反响。其中反对的声音占了绝大多数，甚至有一些人觉得对这件事很愤慨，认为“影片以片面的方式曲解日本的饮食文化”。日本的农林水产大臣赤松广隆在颁奖典礼结束后对媒体表示，影片所造成的误解给日本人塑造了野蛮的形象，他对此感到非常遗憾。和歌山县知事仁坂吉伸在接受《朝日新闻》的采访时表示，“太地町的捕鲸是遵守渔业法规定、获得许可的行为。影片却以片面的价值观来对事实进行评判。”
据一项在网上举行的问卷调查显示，有88.9％的网民对《海豚湾》的获奖表示“无法接受”。其中反对声最大的还是该影片的摄制地和歌山县太地町，有一位当地民众在面对媒体采访时表示，影片中的东西“有悖于事实”，他对影片的获奖“感到非常愤怒”。
现在大部分的日本人也都认为影片没有如实地反映实际情况，制作人员的“偷拍行为”也侵犯了当地人的肖像权，并且是对日本当地饮食文化的不尊重。日本媒体在报道相关消息的时候也大都在题目中使用了“隐秘拍摄”或是“偷拍”一词。
捕杀海豚可以说在日本有着很悠久的历史，可以追溯到日本的绳纹时代，距今大约6000年到2000年以前。现在北海道、青森、和歌山等地方政府仍允许捕杀海豚。据水产厅统计显示，日本近年来捕杀海豚的数量有所减少，全国每年的捕杀量在1万5000只到1万8000只左右。为了防止滥杀，每个地方政府都会设定捕杀数量的限制。捕获的海豚除了食用之外，也会出售给水族馆甚至是国外。在允许捕杀海豚的城市当中，在一般的超市里面就可以看到海豚肉出售。一些到当地旅游的游客，通常会感到非常吃惊。实际上很多日本人对当地的捕杀海豚的传统也是知之甚少。
对于日本的捕鲸行为受到谴责，日本政府也多次出面进行辩解。日本外相冈田克也上个月25号在与新西兰外交部长麦考林进行电话会谈时，对澳大利亚将就捕鲸问题对日本发起国际诉讼表示“遗憾”，称日本仍希望通过外交努力来解决这一问题。他还说，澳大利亚的反对捕鲸团体对日本的科研活动进行干扰，是“无法容忍的危险行为”。
此外，日本农林水产省副大臣郡司彰表示，日本的科研捕鲸是符合国际条约的合法活动，不应受到谴责。
国际捕鲸协会的管辖范围是只针对大型鲸类，而属于小型鲸类的71种海豚则不在其管辖范围之内，由各国自行管理。和歌山县太地町所捕杀的海豚叫做“宽吻海豚”，每年的捕杀数量被限制在1100只以内。
在网络上，也有的网民表示，可爱的海豚惨遭杀戮，实在是太可怜了。但这样的声音却显得非常单薄。另外，在日本当地有一个反对捕杀海豚的组织叫做“ＥＬＳＡ自然保护会”，他们一直致力于维护动物的权利、反对捕杀海豚，并向全世界控诉捕杀海豚的暴力行为。该组织登记了一些出售海豚肉的商店或超市的电话和地址，通过邮件或信件等方式呼吁其停止捕杀海豚。这个组织早在上个月11号就举行了《海豚湾》的观影活动和讨论会。另外，有该组织参与的另一场观影会原本定于本月6号在东京立教大学举行，但由于太地町方面的强烈反对而被迫取消。