1994年底,陈凯歌的父亲陈怀皑因病去世,陈凯歌因为拍摄时间紧张无暇分身,后事还是倪萍帮助料理的。但两人经过长达8年的“马拉松”恋爱即将进入婚姻的围城时,传出了陈红已经怀了陈凯歌孩子的消息,当时倪萍都要气疯了,结果,陈凯歌没有给倪萍一段幸福的婚姻。
1996年,倪萍和王文澜意外碰上,他们十几年前就认识,这次经过一番长聊后,两人竟强烈地感觉一直要寻找的人就在眼前。1997年,倪萍的书《日子》出版,倪萍和王文澜也步入了婚姻的殿堂。婚后的倪萍离开《综艺大观》,渐渐淡出主持人的位子,用精力和时间经营这个她生命中迟来的小家庭。做母亲一直是倪萍的心愿,婚后不久她怀孕了。1999年2月,儿子出生了,因为他属虎,倪萍夫妇给儿子起名虎子。
倪萍现在的丈夫杨亚洲也是导演。最开始的时候,杨亚洲只是个演员,后来他成了导演黄建新的摄影,再后来他开始和黄建新联合导演一些作品,包括《打左灯向右转》《埋伏》等等,多年之后,他才有了今日的地位。