明朝熹宗年间,宦官魏忠贤图谋不轨,陷害忠良.东林党人顾宪成等豪侠之士,欲以“羊皮密卷”上呈熹宗,事未成,诸忠良遭魏杀害,唯顾宪成小女小云携“羊皮密卷”水遁逃去,投奔钱员外以求暂且栖身.钱员外贪功图利,欲向东厂报告,被幼女玲玲、幼子小胖发现后,告之小云.幸有一神秘道士“不知道人”飞身将小云救走,并窃走落入钱员外手中的“羊皮密卷”,将小云安置在一破庙中.庙中一名叫石头的小乞丐将小云打扮成乞丐女,混入街市寻找其他忠良后代.小云和石头结识了顽童小豆子和鼻涕虫.在他们走投无路之际,又有野道士暗中以“飞叶传书”指引他们投奔少林寺.来到寺门前,又遇见另一忠良遗孤高天鹏.少林寺念及孩子们的处境,破例收他们为弟子,交青草大师引领.不料途中,遭遇了重重的艰难险阻,众多武艺高强的有识之士纷纷都献出了生命,小云自己也中毒箭而亡,临终前将“羊皮密卷”交给了至善和尚.但魏依然一路追杀,最后,至善将心明大师引出,心明用自己的真元之气破除了魏的童子功,自己元气大损而亡.
一天,小云随少林寺俗家弟子至善外出学剑法,途中被魏忠贤手下杀手认出,双方激战,神秘道士助至善击退杀手.得到消息后,魏忠贤下令围剿少林寺.青草大师、至善护送孩子们离寺躲避.方丈被捕当作人质.为救方丈,小云私自下山而陷入重围.正当小云不支之时,道士、笑痴僧及师妹青青、苗苗赶来助战.道士战死,小云亦身中毒箭落井而亡.f临终前,小云将“羊皮密卷”托交至善.笑痴僧掩护至善、青青、苗苗突围.青草大师这时也已被东厂高手杀害.少林寺武惠师叔率至善等来到干佛崖古穴绝地,利用历代少林寺祖师遗留穴中之玄机,将追来的魏忠贤的手下先后除去.魏忠贤身怀刀枪不入之童子功,将他们逼向绝境.至善和苗苗悟出穴中有遗字秘诀,将蜡封闭气中的心明大师由蜡封中引出.心明大师用尽丹田修练的真元之气,全力一击,将魏忠贤的童子功破除,自己因元气大损而亡,但保住了忠良之后、少林幼苗.