早在1991年，总导演张黎和编剧严歌苓就开始聊作品，探讨历史的本质。2011年底，拿到小说《金陵十三钗》后，张黎、严歌苓及这部剧的总策划张和平，投资方负责人等开始商量，一定要找一个主题把它拍成电视剧。而关于这个作品的内容，张黎和严歌苓一早就达成共识：日军屠城六周， 《四十九日祭》的故事从事发前一周写起，加起来一共49天。49天也正好是中国传统中，人去世后灵魂得以超度的节点，这也是剧名的由来。
在电视剧《四十九日祭》前，荧屏上已经有太多关于南京大屠杀的作品，为什么还要再拍这段历史？张黎表示，拍《四十九日祭》有两个意义，一是审视，二是警醒。《四十九日祭》是一个有关浩劫的故事，一个记录屠戮的故事，一个从来没有被遗忘，也绝不该被遗忘的故事，希望世界可以知晓，国人以此牢记这个国家、这个民族、这个城市曾经发生的一切。张黎认为，在这部剧里，生命是平等的，更是有尊严的，这部剧就是想用绝境求生揭示生命的意义：与其屈辱活着不如尊严死去。