2000年主持了中央电视台春节联欢晚会。
2002年崔永元出书《不过如此》,成为畅销书目。
2002年,崔永元突然离开《实话实说》,之后人们才知道原因是他得了重度抑郁症。走出抑郁症阴影的崔永元曾在接受央视《人物》栏目专访时,自曝几年前得重度抑郁症时,每天都在想着自杀。小崔坦言想自杀是因为精神困惑。
经过治疗,崔永元也明白,他确实不能改变这个社会,但这个社会也改变不了他,也算是扯平了。2003年7月,崔永元开始主持新节目《小崔说事》。
2004年4月3日,崔永元积数年心血创制的新栏目《电影传奇》开播,内容涉及150部老电影。崔永元在节目中既是主持人,又是主要演员,既讲故事又演故事。崔永元说:《电影传奇》离我的理想特别近。因为,它是原创的,是一个创新。同时又监制推出了老电影歌曲联唱专辑《宁死不屈》。
2012年4月14日,崔永元主持的第一期《谢天谢地,你来啦》开播。
2012年9月28日,崔永元和周立波主持的《小崔说,立波秀》在中央电视台财经频道播出从9月28日开始每晚21:20在CCTV-2十日连播。