他们开始追查行动,很快查明了"眼镜蛇"的阴谋,而他们首先要解决掉的是给"眼镜蛇"提供军火支持的战争狂人的迪斯特罗(克里斯托弗 ·埃 克莱斯顿饰 ),而"眼镜蛇"组织里也有着不少心狠手辣的铁腕人物,例如外表性感漂亮,心肠却狠毒如蛇蝎的"男爵夫人"(西耶娜·米勒饰)就是当中的代表人物。除此之外,还有与蛇眼是兄弟的白幽灵(李秉宪饰),他一直在"眼镜蛇"与G.I. JOE之间摇摆不定。G.I.JOE为阻止"眼镜蛇"的阴谋而与其展开大战,随着两方战斗的白热化,原本一直深藏不露的"眼镜蛇"组织头目也逐渐显露出真身,他的真实身份令G.I.JOE的成员大吃一惊。