倪萍的第一任男朋友是演小品的郭达,但郭达家庭特殊,最终因为郭达的母亲反对而分手。1991年,倪萍和陈凯歌同居,1996年二人分手,倪萍在《日子》一书中,对这段情感的描述为“这是一段没有自尊、失去自我的日子”。倪萍的第一任丈夫是在山东时结合的,早年在山东工作的倪萍因赌气匆匆走进婚姻,并育有一女,后来,倪萍调到北京中央电视台工作后,二人分道扬镳。女儿被判给了前夫。1997年,倪萍与王文澜结婚,1999年40岁的倪萍生下儿子虎子,2005年与王文澜离婚。2005年,与王文澜离婚后不久,就与多次合作过的导演杨亚洲喜结连理,低调办完了婚事。