2009年2月举办第三次亚洲巡回演唱会《The 3rd Asia Tour - MIROTIC》,5月4日-5日的神户演唱会上,成员金俊秀因彩排受伤,坐着轮椅登台表演。7月4日-5日东方神起首次登上日本东京巨蛋开演唱会。7月31日,东方神起三名成员金在中、朴有天、金俊秀起诉经纪公司SM,10月27日,韩国法院判决官司胜诉,三名成员可自由开展演艺活动,自这一天起,三人不再是SM公司旗下艺人了。10月2日,东方神起中国上海虹口足球场演唱会,是五名成员最后合作的演唱会。12月31日,东方神起第二次出席日本红白歌会,亦是五名成员最后的同台演出。2009年,东方神起在日本公信榜单以年度销售额68亿9000日元,排名第三位,仅次于日本天团岚和EXILE。2010年2月17日发售日本首张精选辑《BEST SELECTION 2010》,销量累计:584,843张。2010年东方神起在日本公信榜单以年度销售额94.31亿日元排名第二位,仅次于日本天团岚