1941年,宫崎骏出生于的东京都文京区,毕业于杉并区立永福小学校、杉并区立大宫中学校、东京都立丰多摩高等学校及学习院大学政治经济学院。在四个兄弟中排名第二,父亲是宫崎家族经营的“宫崎航空兴学”的职员。在第二次世界大战中因战时疏散,举家迁往宇都宫市和鹿沼市。他所在的家族经营一个飞机工厂,属于军工企业,所以战争后期物质匮乏中也能保持颇为温饱的生活,宫崎骏度过了相当自由的幼年生活。然而在这种环境下长大的宫崎骏却意外地对家族的特权产生了怀疑。宫崎骏的父亲告诉他,其实宫崎家族生产的飞机尾翼根本不符合标准,全是些没有经过正规培训的临时女工制作加工的,只需贿赂下军方管理人员,产品就可以蒙混过关。这些在大人们看来无可厚非的把戏,却在宫崎骏的内心留下了抹不去的痕迹,引发了他对人性的思考,影响了他之后从事动画导演的创作风格。宫崎骏自幼由于身体不好,故不擅长运动,也因此对静态的绘画很有天分,特别对于飞机感到兴趣,并成为终身的爱好。
1959年,宫崎骏进入学习院大学政治经济部。大学里面没有漫画社,所以进入了与之最为接近的儿童文学研究会,社员只有宫崎骏一个人。在大学期间他创作了大量的漫画,也曾向贷本漫画出版社投稿,不过作品没有完结。在安保运动中宫崎仅仅是一个旁观者,仅仅在最后时刻作为无党派人士参加了一下。宫崎骏也在思想上开始倾向社会主义,苏联解体对他的思想构成了很大冲击,虽然面对社会主义败北的现实,但是他对劳动者和革命的肯定立场一直没变。宫崎骏在1994年连载完漫画《风之谷》后,决定放弃马克思主义。