故事由希塔所坐的飞艇遭到空中海盗的袭击而开始。争斗中希塔从万米高空的飞艇上跌落下来…… 故事另外一个主人公少年PASU是矿工机师的徒弟,这一天收工时,发现天上有个亮晶晶的东西正在慢慢地下落。是什么?UFO?他飞也似的跑过去,发现是一个好可爱的女孩子,在一团蓝光的包围下从天上飘下来了……
第二天希塔在PASU的房间里醒来,发现房里有一张“天空之城Laputa”的照片。这是PASU的父亲冒着生命的危险历尽艰险才拍到的真正的天空之城,但除了斯威夫特之外,没有人相信他。于是父亲在郁郁寡欢中去世了。PASU发誓,一定要向他人证实,世上真的有天空之城存在!
然而嗅觉灵敏的海盗很快就找上门来了。接下来就是一段令人眼界大开的追捕与逃跑镜头,最后二人在众目睽睽之下掉入万丈深的矿井,希塔戴的天空之石又一次发光,令他二人安全飘落。矿井中,天空之石和井下的矿石发生共鸣,原来这里曾是开采天空之石原料的地方,但提炼天空之石的技术,传说只有Laputa的人才掌握着。
二人刚出矿井,就被军队的人抓住了。希塔被带往要塞,在那里一个叫穆斯卡的人给希塔看一个巨大的机器人,说是从天空之城掉下来的,凭当时的科技无法令它再启动。当天晚上,希塔念起祖辈所流传的寻求帮助的咒语,天空之石发出光,令机器人再次活起来,整个要塞变成火的海洋。