在成均馆求学的日子里,四个青年在克服种种困难的过程中相互影响、一起成长。允熙、善俊两人的感情逐渐加深,两人关系发生了微妙的变化。允熙对李善俊日久生情,而并不知晓允熙实际上是女儿身的李善俊渐渐也开始对金允熙有了一些超越友情的特殊情感。李善俊的内心十分混乱,一度以为自己是“男色”,于是逼着自己开始疏远金允熙,而在一旁默默守护允熙的文在信此时却发现了允熙的女儿身。允熙和善俊终于走在一起,在信将感情藏在了心中。总是作为旁观者对待事物、外表总是花花公子般的具容河也在四人相处的友情中找到了真我。就在此时,大王突然对“才俊四人帮”下了一道密令,命四人寻找丢失的思悼世子所写的“金藤之词”。然而在寻找“金藤之词”的过程中李善俊竟然发现自己的父亲是允熙的杀父仇人。
《成均馆绯闻》改编自韩国作家郑恩阙的小说《成均馆儒生们的日子》,以正祖末年动荡的朝鲜为背景,朝鲜当时的四色门阀有老论、少论、南人、北人,老论派与少论派分化,南人党势力寿终正寝。