2004年3月7日,在瑞士羽毛球公开赛男单决赛中,林丹以15:12和15:6的比分击败鲍春来获得冠军。这是他继去年丹麦公开赛夺冠以来,在参加的5项公开赛中获得的第四个冠军头衔。而该项赛事官方网站也称林丹为SUPER DAN(超级丹),原因是看林丹打球是一种欣赏。3月15日,已成为中国队男单一号人物的林丹在击败了丹麦名将彼得·盖德之后夺取了自己首个全英羽毛球公开锦标赛冠军。 4月10日,日本羽毛球公开赛在东京进行,在男单1/4决赛上,林丹在比赛中被队友鲍春来以2:0击败,止步半决赛。5月16日,林丹在汤姆斯杯中担当主力,一举击败垄断该项赛事长达5届的印度尼西亚队,帮助中国队时隔14年再度捧起汤杯。8月,在2004年雅典奥运会羽毛球男单比赛中,林丹遭受了他职业生涯最大的一次“滑铁卢”。以世界排名第一身份参赛的他,在首轮比赛中爆冷败于新加坡球手林羽峰。11月14日,在中国羽毛球公开赛男子单打决赛中,林丹又一次以2:0击败了队友鲍春来,蝉联了中国公开赛男单的冠军。