1963年4月由于宫崎骏是次子,有长子继承家业,所以可以按自己喜欢的选择自己的职业。宫崎骏进入东映动画公司,从事动画师的工作。起初他是想要选择漫画家工作的,但后来放弃漫画家选择动画师的原因是因为被人说自己的作品是在模仿手冢治虫,虽然宫崎骏并不这么认为。但他意识到自己无法超越手冢治虫这样的漫画家,于是选择了即使不是原创也无所谓的动画师。宫崎进最初入东映时仅仅是最底层的原画和设计工作。他第一次参与制作的动画是《汪汪忠臣藏》(制作人为白川大作)。当时战后文艺界一派左派风潮(安保运动刚刚结束),社内充满民主气息,作品的很多东西都靠大家讨论决定。而勤奋、高学历的宫崎因此在讨论中崭露头角。被社内的老前辈大冢康生发现。升职为主要制作人,并担任了东映动画的公会书记长。同年参与了东映首部动画电视剧《狼少年肯》的动画制作。
1983年,宫崎骏将从创作《太阳王子》就一起合作的高田勋、铃木敏夫等人集合起来,开始首次执导电影动画《风之谷》。宫崎骏一人担任导演、脚本、分镜表的全部工作。由于从最底层一直干到最上层,宫崎骏有着主导从故事到作画再到动画大部分工作的能力。电影最后变成了宗教般的结尾,虽然制作者觉得不大满意,但是在放映时却意外的非常让人感动,还是很成功。
1985年,在德间书店的投资下,宫崎骏联合高田勋共同创办了吉卜力工作室,该名字来自二战时候意大利的一款侦察机,意思是“撒哈拉沙漠的热风”,由于宫崎骏父亲曾经是飞机制造厂工作,从小宫崎骏就对飞行和天空充满着向往,这也是吉卜力的由来之一。也正因为这个宫崎骏在日后的许多作品中始终贯穿着天空场景和各式各样飞行器的刻画。宫崎监督期间的作品则是绘本《修那之旅》。
1986年,宫崎骏执导的新动画电影《天空之城》开始制作,漫画《风之谷》休刊。之后《风之谷》也一直随着吉卜力工作室动画的制作而断断续续的休刊和再开,一直到1994年为止。
1988年,宫崎执导的《龙猫》和高田勋执导的《萤火虫之墓》同时放映。尽管后者得到了文艺界的广泛赞扬,也感动了无数观众,但是前者才是吉卜力工作室一直最为人气的作品之一。而吉卜力工作室之后也形成了两位导演轮流制作动画电影的体制。
1989年,宫崎骏完成了《风之谷》动画后,到岳父家的山中小屋度夏的时候闲极无聊的阅读了高桥千鹤的《混凝土的坡道上》,和晚辈的女儿们一起阅读的经历让他职业性的想到了改编少女漫画成为动画的可能性。本来他就是女性至上主义者的一种,以当代少女为主角的电影想法就此形成。同年宫崎骏首次挑战少女成长题材的《魔女宅急便》
1992年,宫崎骏执导的《红猪》公映。喜爱兵器的美丽却讨厌战争的他在兵器模型杂志连载一些短篇漫画,这个作品即为其中之一改编。