多次失败的雷隆羞成怒,一面暗中获取更多负地心元力加紧帮助大魔王的步骤,一面又部署更多的力量和陷阱,妄图阻止他们继续前行,面对着种种的风险和挑战,在威逼和利诱面前,三位元气小英雄不为所动,他们同心协力、团结友爱、不屈不挠、抱着使命必达的坚定信念,运来他们的知识、智慧和顽强的拼搏精神,一次又一次地粉碎了黑暗势力的阴谋。与此同时,翔天等人在途中相继获得灵魂徽章、神圣之风等力量帮助。同时,他们勇于担当的正义行为也获得了奇迹大陆圣兽战士的认同,纷纷加入了保卫家园的作战,使得元气勇者的力量倍增。他们在艰苦中地成长成熟,他们满怀信心,向着最终目标,封印大魔王的地方——黑暗塔继续前行。
然而,他们的任务并非一帆风顺,狡猾阴险的雷隆并不甘于失败,当翔天和他的伙伴们来到黑暗塔时,雷隆将计就计,并通过胁持琦雅,将他们引入一个精心设计的陷阱中,并利用元气勇者的力量解开了大魔王的封印。计划失败了,最让人担心的情况还是发生了,更可怕的是大魔王吸收了更多的能量,力量强大无比,恐怖的力量再次笼罩了整个奇幻大陆,形势急转直下,岌岌可危。就在这一关键时刻,各地正义力量赶来相助,最后,众人齐心协力、众志成城,再次将邪恶力量打败。
但大魔王未被封印,苟延残喘的大魔王开始吸收现实世界的各种能量以修复自己,甚至企图控制超级圣机战神来毁灭蓝星。幸好翔天及时发现并召唤出超级圣机战神,不仅将大魔王的花言巧语逐一击破,更义无反顾的驾驶着超级圣机战神冲向太阳,大魔王毁灭于太阳能量下。在元气力量的保护下,翔天回来了。元气金刚和圣兽战士们向奈奈道别后,一起向大雪纷飞的夜空飞去……也许日后可能有新的黑暗势力让大魔王死灰复燃,但只要世界上还有元气勇者的存在,元气勇者与圣机战士的故事就一定会不断延续下去。