李承哲9日上午应日本友人邀请搭乘班机前往日本,抵达羽田机场后被日方以“令人费解”的理由扣留在出入境管理所达四小时。日方出入境管理所工作人员对此给出的解释是“因为最近出现在媒体上”,李承哲的妻子也在无任何正当理由的情况下被扣留。被扣留时,李承哲强烈谴责了日本海关的不当处理,但对方则突然转移话题,试图隐瞒独岛相关问题,甚至还提到了李承哲20多年前吸食大麻的旧事。但李承哲在吸食大麻事件之后的20年间曾15次访日,并于2000年初在日本举行演唱会,在日本境内的活动被没有受到限制。但在登上独岛并发表统一言论之后,李承哲被拒入境被视为日本“无言的警告”。
对于此次入境被拒,李承哲方面表示,“这是日方有目的的报复行为,若日本试图以这种方式妨碍我们对自己国家领土行使正当的权利,我们绝不会屈服,就算再次被拒入境也将积极应对,与这种不正当行为对抗到底