1998年,克尔斯滕·邓斯特在的《粉骚大联盟》中得到一个角色。1999年,她又拒绝了萨姆·门德斯的《美国美人》中那个洒满玫瑰花蕾的销魂角色,选择了索菲亚·科波拉执导的《处女自杀》。段时期她尝试过许多类型,包括改编自屠格涅夫小说《初恋》的电影《恶意的诱惑》,以及魔幻作品《鸦魔战士》,此外她还在《美丽与疯狂》和《失恋大不同》中出演。2000年,她在《美少女啦啦队》中扮演的满腹雄心壮志的啦啦队长。2001年,邓斯特与彼得·博格丹诺维奇合作了《猫咪喵》。18岁的时候,克尔斯滕·邓斯特就有了一家与她的母亲合作的制片公司,有戏时候拍戏,平时就和母亲一起打理自己的公司。