2012-13赛季,克里斯·保罗带领快船取得了56胜,夺取了球队第一个太平洋区冠军的头衔。他场均贡献16.9分9.7次助攻,并以2.4次抢断排在全联盟第一,在2012年12月份,快船队当月打出了16战全胜的纪录,保罗也当仁不让地成为了西部月最佳球员。
2012年12月21日,快船迎战黄蜂,保罗面对旧主砍下10分12助攻,职业生涯助攻突破5000次。拿到5000次助攻,保罗用了510场比赛,历史上,仅有4名球员在达到5000次助攻时耗费的场次比保罗少。他们分别是奥斯卡·罗伯特森、魔术师约翰逊、约翰·斯托克顿以及以赛亚·托马斯。
2013年2月18日,在休斯敦全明星赛上,保罗首发出场,全场轰下20分15助攻4抢断,尤其是在末节后半段当东部将差距缩紧时,保罗连续两个三分将东部的希望全部破灭,凭借整场比赛的出色发挥,保罗职业生涯首次获得全明星MVP。自快船搬迁至洛杉矶以来,保罗是球队史上首位获得全明星MVP的球员。此外,保罗还是8年来首位获得全明星MVP的控卫。随着送出4抢断和15助攻,保罗全明星生涯场均助攻数达到12.4次,抢断数达到3.4次助攻,分别力压魔术师和里克·巴里,高居全明星历史第1。
2013年3月14日,快船主场迎战灰熊,保罗全场送出24分和9次助攻,使其职业生涯总得分突破10000分