巴斯趁乱和海盗达成联盟飞入要塞救出了希达。匆忙中希达丢失了飞行石,而穆斯卡得到了宝石,命军队按照宝石上圣光的指引,飞向天空之城。另一方,海盗妈妈从希达的记述中算出了天空之城的方位,带着希达的二人乘海盗飞艇全速前进!
即将到达之时,忽然前方出现龙卷风,和穆斯卡的舰艇又狭路相逢,交战中巴斯和希达的滑翔机被卷入龙卷风里。这里是被上帝抛弃的领域,自然的恐怖与众神的愤怒在这里集结,飞越浓重的黑暗,在纵横飞啸的电光中,穿过闪电的回廊,突破生与死的界限,命运之门再次敞开在少年的面前……龙卷风的中心,正是传说中的飞岛“天空之城拉普达”!这儿是寂静的天堂,只有机器人值守的空中都市,植物和远古生物的家园。
穆斯卡抓住了海盗们,也来到了拉普达,他迫使希达和他一起进入中央控制室,启动黑石碑上的文字,即将开始他称霸世界的野心。希达抢回飞行石,为了阻止穆斯卡,她和巴斯一起念起毁灭一切的咒语:巴鲁斯。拉普达解体,邪恶和助纣为虐的武器系统一同化为大气层的火球坠入海中,而使拉普达漂在空中的巨大飞行石结晶载着拉普达的生命之树,上升到天空的尽头。