《武林外传》令喻恩泰走红荧屏,但他却在形势一片大好的2006年选择了攻读中央戏剧学院的博士学位。为此,两年来他一口气推掉了十几部戏,其中也包括大热荧屏的《闯关东》。2006年,经笔试面试通过,考取中央戏剧学院导演专业博士生,9月正式由上戏转学到中戏攻读博士学位。同年出演赖声川导演的话剧《暗恋桃花源》,饰演渔夫老陶。2009年7月,中央戏剧学院表、导演艺术研究博士毕业。同年,首度尝试拍摄刘家成执导的战争戏《高粱红了》,他扮演的国民党军官黄友根既幽默诙谐又不失可爱,这个人物不仅为沉重的战争戏带来一抹轻松的喜剧成分,更是一个非常丰富的角色。