当迈克尔和林肯他们跑到黑帮老大阿布鲁奇派来的飞机所停泊的地方时,飞行员因为安全问题而没等到他们就离开了。逃脱的囚犯们只能望天长叹,于是,他们各自展开了逃亡生涯。FBI追捕逃犯的资深探员马宏在副总统的授权下成为捉捕小组的主管,他决定逐个击破。另一方面,莎拉的父亲因为林肯这起案件而遭灭口,她开始相信麦克了,并从父亲的遗物那里获得蛛丝马迹;副总统的手下Kellerman 前往捉捕林肯的儿子LJ准备拿他当人质时,将LJ一家都杀死了,而却被LJ意外逃脱;一直帮助林肯的律师掌握到了越来越多的线索。一切阴谋似乎都在慢慢揭开。
迈克尔为了帮莎拉顶罪进入了巴拿马最凶险的监狱——SONA,这里专门关押一些重刑犯。因为这里几年前囚犯们发生了暴乱,当地的军队已经完全撤出,剩下这里的犯人自生自灭。这时,林肯的儿子LJ和莎拉被Company的人绑架了,他们要求麦克帮助他们完成一项任务,那就是在一周内将在SONA里的澳大利亚人找到并救出来。为了心爱的女人和侄子LJ,麦克和在外面活动的林肯又开始了他们新一轮的越狱计划。