在父亲身亡后,才了解其所言属实的福特,也担心怪兽会对家人造成伤害,欲向军方贡献己力,借此顺道返回美国。而后美军以监督护卫的方式,跟随哥斯拉经过了遭穆托肆虐的夏威夷而到达美国本土内华达州;原来亦有一只雌性穆托潜伏在美国内陆,以赌城附近的核废料场为生,与在日本的雄性穆托经过沟通联络上后,欲在旧金山会合而达到繁殖的目的。哥斯拉则侦测到穆托们的沟通而展开追击,以维持自然界的平衡。然而美军却打算以核弹引诱穆托,再以穆托引诱哥斯拉,打算借由核弹的爆炸威力同时杀死这三只巨兽。有鉴于穆托的电磁脉冲能瘫痪电子军武, 核弹的引爆装置被改成传统倒数器来替代。在用火车运送引诱用的核弹头时却被雌穆托劫车, 而最后剩下的那颗核弹在海上的运送过程中被雄穆托抢走,赠予雌穆托,当作穆托幼体们的食物来源。被穆托抢走的核弹由于倒数器未被停止,只剩数十分钟后会引爆,为了阻止爆炸,福特和其他军人从上空空投到战场上,希望能将核弹给拆解,避免核弹爆炸的威力波及数万人的性命。哥斯拉此时正在城市内和穆托战斗。美军找到核弹,但因倒数器坏掉无法拆解,只好将核弹带往一公里外的港边。此时福特准备以油罐车内的石油将穆托卵全数烧尽。当雌穆托看到自己的婴孩被烧成灰烬时,愤怒地要将福特杀死。而哥斯拉趁著这段空隙射出了两发原子吐息重击雌穆托。飞来救援的雄穆托则被哥斯拉用巨尾甩击打死在大楼上,但却因撞击的力道过强导致大楼坍塌,使的哥斯拉自己被大楼埋没。此时雌穆托打算摄取已被运到港口边的核弹内部辐射,并将反抗的军人们杀死。福特趁著雌穆托被其他军人吸引之际,把放置核弹的船开往海上,但却再度被雌穆托给盯上。就在福特举起手枪打算做最后的抵抗时,雌穆托被再次出现的哥斯拉射入原子吐息。雌穆托在原子吐息的高温下被融断了脖子,哥斯拉将雌穆托的头部扔入海中,朝着天空发出胜利的吼叫,之后缓缓倒下。随后失去意识的福特被救援队带离船上,并在朦胧中看到运出海外的核弹引爆。 之后福特和他妻儿团聚,而本以为死去的哥斯拉却再度醒来,对着天空吼叫后,再次返回到大海。影片评价
哥斯拉的设计参考了多种动物外形。如脸部正面设计,更多借鉴了熊的脑部轮廓;在鼻子及唇部细节方面,又有狗的影子;如果从侧面看,眼睛与鼻梁连成的线条,又让人联想到老鹰。