大结局:除夕当天,祁钰与允贤、吴太后及太上皇一家相聚团员,本是阖家欢喜之际,吴太后却屡屡阴阳怪气地讽刺上皇、指责允贤,祁钰因而气恼不已,又吐了血。除夕之夜,下起了雪,允贤站在宫殿外看雪,上皇走到允贤身边,忆起那年在允贤家的后院与允贤一起雪中起舞,同赏烟花,共度除夕,并用脚在雪上写下朝鲜语“扎基亚”,对允贤道了声珍重,后回自己宫中与妻儿团圆。除夕之夜,允贤一直守在祁钰身边,入夜已深,祁钰突然开始止不住地大口吐血,允贤急忙给他扎针止血,并让人速去请程村霞,可还是晚了一步,祁钰一命呜呼。祁钰在除夕之夜病逝,吴太后认定是允贤医术不精才害死了自己的儿子,要让允贤殉葬,允贤则因为太过悲伤,又被吴太后推到在地,不幸小产。孙太后及静慈师太以“允贤性命受到威胁”作为诱饵,设计让英宗复位,孙太后还主动解开了与英宗多年的误会,向他说明所谓的“杀母之仇”不过是王振当初为了取得他的偏信而编造的谎言。英宗重新登基,下令废除殉葬制度,实行女医制度。允贤放不下祁钰与她还未出世的孩子见济的死,无法面对英宗的一片深情,也厌倦了宫中战战兢兢的生活,离开皇宫远走天涯,寄情山水,悬壶济世。其师兄程村霞亦卸官做了游方郎中,与允贤在民间重逢,叮嘱允贤写完她那本《女医杂言》一定要给他留一本。钱皇后去世后不久,太子见深即皇位,英宗终于得以卸下心中重担,到宫外去寻找允贤,希望与她共度余生。在允贤及医女们的共同努力下,也在英宗的盛德感召下,明朝不仅官方建立了女医制度,世人亦渐渐地接受了女子行医,女子患病不用再受限于男女大防,隐疾得治,性命也因此大为增长。