1912年1月,南京临时政府成立,当选为副总统,仍兼鄂省都督。被孙武等拥为民社领袖,与同盟会抗衡。不久,任共和党理事长。借袁自重,配合袁镇压革命,杀害首义元勋,多次镇压湖北革命党人的夺权斗争。1912年10月,袁世凯授为陆军上将、大勋位。1913年助袁镇压“二次革命”。国会召开,选为副总统,另兼鄂督、参谋部总长。袁嫉黎拥兵自重,于同年12月迫黎入京,置于瀛台,并与之联姻。1914年6月,兼任参政院院长。1915年12月袁氏称帝,册封黎为武义亲王,不受。1916年6月袁死,继为大总统。与国务总理段祺瑞发生“府院之争”,于翌年被迫弃职,移居天津。