1999年,发行了全球华人首张DTS-CD专辑《蝴蝶情事5CD》、《蜕变3》、《风之谷-山地情歌》。2000年,公司为卓依婷量身定做了一张华语原创专辑《伪装》。同年,发行一张有关历年专辑的简单故事《简单生活札记》。同年,卓依婷因工作太忙碌,依婷身体不适,医生嘱咐她休息好好静养身子,所以暂别歌坛两年。2002年,暂别歌坛已近两年的她重展歌喉,推出个人专辑《祝福》两张贺岁合辑《金装八大巨星》、《百万巨星大赚钱》。5月起,她先后到广东的深圳、东莞、茂名、珠海、阳江、清远、云浮等十几个城市举办巡回演唱会。2003年1月,推出四张不同类型的专辑《中国时代经典》、《黄梅戏经典名曲精萃》《天地情-跨世纪山地情歌辑》以及一张贺岁合辑《八大巨星霸气如虹迎新年》,10月2日,发行专辑《蜕变4·"婷"不了的爱》。