关于感情她先后与王永洪、许冠杰、尔冬升、吴启华、梁朝伟、黎明、成龙等人传过绯闻,曾被新闻媒体称作绯闻女人。但在一系列的感情风波后,王祖贤迎来的真正刻骨铭心的爱情--与齐秦的6年爱情纠葛。当时,齐秦凭借着《北方的狼》在台湾崭露头角,1987年7月,电影公司要为他拍摄一部电影《芳草碧连天》。当年齐秦是在钟楚红和张曼玉等女星中亲自挑选了王祖贤,因为他觉得王祖贤很清纯,而且又同为台湾人,二人合作后就传出恋情。齐秦王祖贤的爱情一共经历3次分手,而最轰动的一次,则是王祖贤和林建岳的感情纠葛。
1993年,传出王祖贤恋上有妇之夫林建岳的消息,但王祖贤一直坚决否认事情的真实。直至林建岳与谢玲玲正式办理分居时,王祖贤才承认与林之间的感情。由于林母强烈抨击王祖贤介入他人婚姻,并宣称他们的感情不能超过两年;1996年底,媒体曝出杨采妮的插足,两人恋情就此告吹。分手后的王祖贤则远赴加拿大。
随后不久,或许旧情难忘的齐秦,推出了自己《不让我的眼泪陪我过夜》的最新专辑,似乎再次深深地表达了齐秦对王祖贤的思念之情,远在加拿大的王祖贤听到这首歌之后两个人再次接通了电话。正当齐秦和王祖贤已决定要到西藏结婚时,齐秦前女友方美芳又跳出来要齐秦认养儿子方伟。此后,两人在长谈后决定平和分手。于是王祖贤再次远走加拿大,继续她的求学梦。