1983年,齐秦在台北服兵役时,认识了台北华国饭店的歌手方美芳。齐秦退役后便与方美芳同居,与方美芳育有一子方伟,但两人后来分手。1986年,齐秦在电影处女作《芳草碧连天》中与王祖贤合作因而结缘。1987年,齐秦在《冬雨》专辑中,为王祖贤量身定做歌曲《大约在冬季》。齐秦与王祖贤相恋10多年,分分合合好多次,2002年两人还是以分手告终。2005年,齐秦与比自己小24岁的孙丽雅相识。当时孙丽雅在四川读艺校,后来被唱片公司送到韩国接受一小段时间训练。孙丽雅家境很好,父亲是一位地产商。2007年,齐秦和孙丽雅到上海参加一个活动时,恋情正式曝光。2010年3月18日两人在美国注册结婚。2011年5月10日齐秦首度在台北公开女儿齐心和太太的合照 。