危急之际,孝庄太后力挽狂澜,下令改朱批,行蓝批,同时立下诏书:清顺治十八年正月初七,顺治皇帝龙御归天。公元1661年,在孝庄太后的扶植下,天花大病初愈、年仅八岁的爱新觉罗·玄烨登上了大清皇帝的龙座,称康熙皇帝。翌年改元康熙。康熙即位以后,鳌拜等权臣威迫有加,并残酷迫害朝中异己,就连孝庄太后也迫于含辱。在康熙六年、公元1667年,康熙皇帝大婚后,在大清三朝元老、太国丈索尼的鼎力相助下,年仅14岁的爱新觉罗·玄烨亲政。亲政后康熙改归皇权,而以鳌拜为首的权臣竟图谋废君改朝,康熙被迫殊死相争,最终智擒鳌拜,肃清政敌。虽然清除了内部的祸乱,但是斗争却远没有停止,吴三桂、尚可喜和耿忠明三藩拥兵自重,独霸一方。已成尾大不掉之势。而吴三桂妄图将云贵划立为他的藩镇王国以便世袭云南,一面暗地里大肆扩充军备,与清朝政府为休养生息而裁撤兵员削减军费开支的举措相对抗;另一方面假惺惺上表请求撤藩。康熙通过调查对吴三桂的作为早已是洞若观火,但终究年轻气盛,不听孝庄太后的苦劝,一语定乾坤,断然下旨撤藩。这一举措粉碎了吴三桂幻想以进为退的图谋,引发三藩之乱。