《奔跑吧兄弟》在经过磨合和探索后,已经形成了指挥有序、分工合理、配合默契的工作系统。在指挥系统方面,团队在总制片人下设立了两位总导演,一位侧重于现场,另一位侧重于编剧;之下还有几个副总导演,分别负责统筹、艺人、商务对接、后期等。
在分工上,团队划分为勘景组、编剧组、导演组、摄像组、后期组、制片组。其中,编剧是跑男出现之后浙江卫视才设立的一个工种,由负责编剧的总导演带领。编剧和导演是分开的。导演更加有精力注重现场的呈现和设置,编剧则侧重编排艺人的整个情感、性格定位和环节内容的走向。负责写出游戏设定,而和剧情无关。没有剧本,所谓的剧本,只是一个流程,这里面涉及了场地、规则、以及导演发布任务时所要说的话等。