长期以来,因为海峡两岸在政治上面的立场不同,使得金马奖在2000年之前,多偏重于台湾电影及香港电影的鼓励。但是台湾电影工业的衰弱,香港电影工作人员大量的流失,使得本奖项逐渐开放中国大陆电影进入,并参加竞赛项目。
本奖项现今仍由台湾当局“行政院新闻局”所补助的电影事业发展基金会下属之台北金马影展执行委员会所举办,其势则区分为“国际影片观摩项目”与“华人电影竞赛项目”。“国际影片观摩项目”以售票方式筹款,再加上“电影事业发展基金会”之补助来运行;“华人电影竞赛项目”则由金马奖执行委员会专责处理。
早期,金马奖的主持人常有“港台”互相搭配的传统,但后来也有皆由台湾主持人担任的情况出现。