顺治亟欲实现自己"满汉一体,共享太平"的治国理念,但却引来了满州亲贵们的激烈对抗,这让孝庄伤透脑筋。顺治与董鄂妃的百死无悔的爱情,造成满蒙亲贵的仇视、博果尔的死亡,也更激化了反派势力的仇恨与行动,但都为孝庄一一化解,而无辜的董鄂妃及其幼子、好友,都成了牺牲品。
子殇妃死之后,顺治更郁郁终日,并萌生出家为僧的念头,尚来不及实行,便在贵太妃"同归于尽"的心态下,染天花病逝。
孝庄心力交瘁,但她必须振作起来,依汤若望之密议,立顺治之子玄烨为帝,年号康熙。孝庄决心好好抚养这位少年天子成为明君,以弥补她对儿子的遗憾,为大清朝开创盛世。