2013年,斯嘉丽出演了《美国队长:冬日战士》。6月,斯嘉丽登上法国版《名利场》杂志的7月刊将封面。9月,斯嘉丽·约翰逊主演的《皮囊之下》在威尼斯举行了首映仪式,她主演的《情圣囧色夫》在多伦多电影节举行了首映礼。10月,斯嘉丽登上Esquire十一月刊的封面,同时也获颁该杂志评选出的年度最性感女人头衔。11月,斯嘉丽凭借《皮囊之下》获得第16届英国独立电影奖最佳女演员的提名,并凭借《她》获得罗马电影节的最佳女主角,成为罗马电影节史上首位凭借声音获奖的最佳女主角。12月18日,影片《她》在美国公映,斯嘉丽在片中用声音扮演了人工智能软件“莎曼珊”,与华金·菲尼克斯饰演的男主角演绎了一段“触不到的恋情”。12月,斯嘉丽凭借在《她》中的演出获得了底特律影评人协会奖最佳女配角。
2014年2月28日,第39届法国电影凯撒奖颁奖典礼在巴黎夏特莱剧场举行,斯嘉丽·约翰逊获颁法国电影凯撒奖荣誉奖。在《美国队长2》于中国国内上映之际,斯嘉丽·约翰逊第一次来到了中国。3月24日,斯嘉丽与克里斯·埃文斯、塞缪尔·杰克逊一同出席了《美国队长2》在北京举行的见面会。4月,斯嘉丽加盟改编自同名故事集的《森林王子》。此外,她还为安迪·瑟金斯执导的《丛林之书:起源》配音。7月25日,斯嘉丽·约翰逊担纲女主角的科幻动作影片《超体》在北美上映,以4402万美金的成绩问鼎该周票房冠军,获得4.6亿美元的全球票房,超越了安吉丽娜·朱莉保持多年的纪录。
2015年4月12日,第24届MTV电影奖在洛杉矶揭晓,斯嘉丽·约翰逊作为颁奖嘉宾亮相。
2015年8月21日,斯嘉丽·约翰逊在《福布斯》公布的2015全球最高薪女星排行榜中,以年收入3550万美元,获得亚军。