吴宗宪的一番言论引起了争议。吴宗宪在节目上说,他自己是天秤座的,说天秤座的人长得都比较帅,他还列举了一系列的帅哥,刘德华,金城武,林志颖等等,然后又说“全世界最著名的摄影师”,并没有指出是谁,事后网友分析他其实是在说陈冠希的那个艳照门事件,后来播的时候加了音效。
由于欧弟“欧弟的酬劳仅是吴宗宪的五分之一,便宜又好用。”还曾传出“迎欧退吴”,欧弟的经纪人赵昕接受记者采访时回应说,“这种说法不属实。节目有变动是电视台的原因,主持人没办法干预。吴宗宪是欧弟的前辈,我们不方便对这件事做更多回应。”
2007年,吴宗宪在台北挹翠山庄的豪宅,深夜遭狂徒开枪疯狂扫射,全屋墙身最少留下400个弹孔。吴宗宪侥幸未被枪伤,本人表示寓所遭枪击只是有人“开玩笑”,但外传是因惹怒黑道,全因嗜赌欠下无法偿还的巨债。