黄飞鸿之少林故事是黄飞鸿新传的一个章节之一,少林掌门身患重病,请黄飞鸿前往少林医治。黄飞鸿带领弟子猪肉荣和鬼脚七来到少林,却发现事有蹊跷。飞鸿诊断出掌门空智身染梅毒,正欲医治,忽有刺客行刺空智。飞鸿追踪刺客直至藏经阁。
一番调查之后,黄飞鸿发现,藏经阁中以无根为首的少壮派弟子,曾留学欧洲,因不满少林寺的陈腐制度,企图刺杀掌门空智并趁机改革。在飞鸿的劝导下,无根他们放弃了刺杀,改为直接向掌门进言。岂料戒律院主持可鉴不但不让他们见掌门,还派人抓他们去苦工营。混乱中鬼脚七也被抓去。
鬼脚七从苦工营逃出,并和无根、贵嫂一起救出了老和尚空云。黄飞鸿发现空云的手脚都是被大力金刚指打断。飞鸿兵行险着,决定取可鉴之血,同时为空智、空云两人换血。手术成功,空智痊愈。但空云仍然手脚残废,只剩铁头功。