2013年12月起,双方由辩论成为“网络骂战”,方舟子称崔永元为“疯狗”、“僵尸主持人”等,崔永元则称方舟子“坑蒙拐骗都干过”,“网络流氓暴力集团的头目”等。
2015年6月25日,海淀法院一审认定两人均有部分微博构成侵权,判令双方各自删除几十条侵权微博,在《新华每日电讯》、腾讯微博网站首页(连续24小时)向对方公开赔礼道歉,并互赔对方4.5万元。上午9时30分,庭审开始,方舟子(原名方是民)和崔永元都没露面,均委托代理人出庭。方舟子代理人称,“一审判决很荒谬,漏写了方舟子的证据,必须改判。一审判决也无法执行,判决方舟子必须删除侵权微博,方舟子无法做到,因为目前方舟子无法登录其腾讯微博,而且当事人只能在报纸的广告版发布致歉声明,但一审法院判决要求在几家媒体上道歉,要求我方删除微博,我们无法做到。”该代理人还表示,一审判决支付金额过低,仅判支付方舟子精神损失费3万元,而崔永元称他支付律师费就达7.5万元,可谓财大气粗,这样看来,法院判决给付方舟子的钱太少了。