方舟子方提出,一审判决适用法律不公平,明显偏袒崔永元。“凡是对方舟子有利的证据,法院未采用,对崔永元有利的证据法院均采用了。崔永元作为公众人物,其本人做的科普活动以及其发起的基金会应该接受社会公众监督,方舟子发表对其科普活动以及基金会发表正常的监督意见,不应该认定为侵权。”该代理人说。对于一审判决,崔永元一方也有意见,“没有适用同样的标准。”崔永元的代理人表示,崔永元涉案微博均不构成侵权。“首先转基因食品是否安全,目前在科学界还有争议,崔永元是为了维护公众的知情权发布的微博。崔永元提交了80多份证据,没有诽谤方舟子,因此不构成侵权。”