2007年获得第40届日本BEST HIT歌谣祭-Gold Artist奖,日本MTV音乐录像带大奖-最佳Buzz Asia韩国艺人奖,是首次在日本获奖。同年举办全日本Hall巡回演唱会“2nd LIVE TOUR 2007 ?Five in the Black?”。6月7日~8日在日本武道馆举行演唱会。8月1日,发行第12张日文单曲《Summer dream》,首次获得公信榜日榜一位。
2009年2月举办第三次亚洲巡回演唱会“The 3rd Asia Tour?MIROTIC?”,共动员39万人次[37] 。5月在神户、埼玉市、福冈等日本9个城市举办第四次日本巡回演唱会“东方神起 4th LIVE TOUR 2009?The Secret Code?”,共动员25万人次。7月4日-5日东方神起首次登上日本东京巨蛋开演唱会。7月31日,东方神起三名成员金在中、朴有天和金俊秀起诉经纪公司SM娱乐提出解约并得到法院支持,最终无需任何赔偿得以离开SM娱乐。9月30日东方神起成员金在中和朴有天组成限定组合在日本发行单曲《COLORS~MelodyandHarmony~/Shelter》,初动销量14.9万张,累计销量18.5万张。10月2日,在中国上海虹口足球场演唱会成为五名成员最后合作的演唱会。12月31日,东方神起连续两年出席日本第60届NHK红白歌会,同日出席日本TBS电视台年终live特别节目《CDTV新年Premiere live》,成为第一个连续三年出演该节目的韩国组合,这是五名成员最后的同台演出。2009年,东方神起在日本公信榜单以年度销售额68.9亿日元,排名第三位。