2009年,与包括张国立,唐国强在内的100多位明星合作出演韩三平,黄建新执导的60周年国庆纪念电影《建国大业》,邓超在片中饰演爱国艺术家徐悲鸿。该片获得华表奖、金鸡奖、百花奖最佳影片奖等十多项奖项,内地票房为4.2亿,是2009年华语片全年票房冠军。7月,邓超与刘德华、刘嘉玲、李冰冰、梁家辉领衔主演由徐克导演的电影《狄仁杰之通天帝国》。该片获得金马奖、金像奖、北京大学生电影节等十多项电影奖项及廿多项提名,并且成为2010年国庆档票房冠军(内地票房近3亿),华语片年度票房第二位,入围第67届威尼斯国际电影节主竞赛单元,邓超与团队赴意大利出席影展,该片亦被美国《时代周刊》评为世界年度十大佳片第三名。邓超在《狄仁杰之通天帝国》中塑造了“白化神探”裴东来的徐克武侠人物形象,并获得香港电影金像奖“最佳男配角奖”的提名。同年,邓超受江西南昌市政府邀请担任第18届中国金鸡百花电影节形象大使。2009年下半年,正式签约华谊兄弟时代文化经纪有限公司。2009年岁末,《翠花》举行全国巡演,睽违舞台演出多年的邓超亦参与部分场次演出,并再度一人分饰生旦两角。